Η αρχή λειτουργίας των Πανεπιστημιακών Κλινικών είναι ο συνδυασμός της ιατρικής φροντίδας, της ιατρικής διδασκαλίας και της έρευνας.

Ένα ευρύ φάσμα επιστημονικής δραστηριότητας βρίσκεται σε διαρκή εξέλιξη, επιτρέποντας τόσο την άψογη εξάσκηση της Ιατρικής Επιστήμης όσο και της Εκπαίδευσης.

Η γνώση που αποκτάται με τη διενέργεια των ερευνητικών πρωτοκόλλων δημοσιεύεται τόσο σε εθνικό όσο και διεθνές επίπεδο, ενώ τα αποτελέσματα συνεχώς επανεξετάζονται.

Το Ερευνητικό Πρόγραμμα της Κλινικής περιλαμβάνει διάφορες περιοχές ενδιαφέροντος για την Ουρολογία.

Η συμμετοχή των ειδικευόμενων στις ερευνητικές δραστηριότητες είναι συχνή και ενθαρρύνεται έντονα από τους Ειδικούς του Τμήματος.

Διάφορες κλινικές μελέτες και πρωτόκολλα είναι υπό εξέλιξη και καλύπτουν επί του παρόντος το μεταστατικό καρκίνο του προστάτη, καρκίνο της ουροδόχου κύστης, τη δοκιμή νέων φαρμάκων για τα συμπτώματα κατώτερου ουροποιητικού, την αξιολόγηση - σύγκριση των αποτελεσμάτων διαφόρων πρωτοκόλλων κατευθυνόμενης βιοψίας προστάτη, τον προχωρημένο καρκίνο του νεφρού, τις επεμβατικές τεχνικές αντιμετώπισης της λιθίασης του ουροποιογεννητικού κ.λπ.

Τέλος, συχνή είναι η συνεργασία με άλλες Πανεπιστημιακές Κλινικές ή Τμήματα - Εργαστήρια του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Λάρισας, καθώς επίσης και με άλλα Ουρολογικά Τμήματα της Ελλάδας και του Εξωτερικού για τη διενέργεια κοινών πρωτοκόλλων έρευνας.